La ciudad Tomé, ubicada al noreste de Concepción no posee una fecha de fundación sino que corresponde a una pequeña población mapuche Lafkenche descubierta y reconocida, junto al resto de la bahía de Concepción, por el navegante genovés Juan Bautista Pastene, en su expedición vía marítima al sur del territorio. Aunque a la tesis del asentamiento indígena no se le daba importancia, ahora se encuentra confirmada por el descubrimiento de utensilios mapuche tras la demolición de un edificio en el centro de la ciudad el pasado 2007. De esta manera, al igual que muchos sectores aledaños, Tomé cobijaba a una comunidad mapuche, que por las características del sector, debieron haber subsistido en base a la pesca y recolección de especies marinas, así como de la caza y recolección de frutos silvestres.

Por otra parte, la disposición a defender su libertad y territorio por parte de los antiguos habitantes de estas zonas, los llevó a rebelarse contra el yugo español y al igual que en toda la zona, las cercanías de Tomé se constituyen en escenarios de batallas de la larga Guerra de Arauco. Tal es el caso de la batalla de Molino del ciego, en las cercanías del Fuerte de San Rafael, lugar que hoy ocupa la localidad del mismo nombre (más conocida como Rafael simplemente).

La importancia estratégica de esta zona y uno de los motivos por los cuales se habría construido dicho fuerte es que constituía parte del camino que unía la antigua Concepción y Chillán, una ruta casi obligada para comerciantes y autoridades españolas. Demás está señalar que por su ubicación en la rivera norte del río Biobío tuvo gran influencia hispana.

Una vez instaladas las primeras familias de españoles el poblado siguió teniendo un desarrollo ligado a la pesca, conformándose como una pequeña caleta de pescadores, a esta actividad se agrega el desarrollo de agricultura de subsistencia y de un pequeño desarrollo como astillero, aprovechando las excelentes maderas de la zona. Esta orientación tuvo un rotundo cambio producto del notable desarrollo triguero vivido por la provincia de Concepción, con lo que se consolida la estructura hacendal, donde la población mestiza y española pobre presta sus servicios, como mano de obra barata a propietarios y latifundistas de las cercanías de Tomé.

El desarrollo triguero se debió a la dependencia alimenticia que en aquel tiempo aquejaba al Virreinato del Perú. Tomé por su estratégica posición se convierte en una pieza clave en la industria triguera, pasando a ser el lugar de producción de harina, con la gran cantidad de molinos que se ubicaron en el sector.

A la zona llegaba la producción agrícola de los valles del Itata y 'uble, además de la producción de la provincia del Maule, que en aquellos años no posee un camino expedito que la comunique con Constitución, su puerto natural. Con esto también comienzan a desarrollarse las respectivas instituciones estatales, como es el caso de la aduana, propia de un puerto con embarques internacionales.

De esta manera Tomé se transforma en centro de almacenaje y transformación de materias primas, principalmente, trigo, con lo que se constituye una floreciente industria y un pujante puerto. Esto se hace posible gracias a las excelentes condiciones para el resguardo de embarcaciones, lo que le permite consolidarse como puerto de salida de los productos de una extensa zona agrícola. Además la presencia de tres esteros nacidos en la cordillera costina permite utilizar la energía hidráulica en los procesos productivos de los distintos molinos.

Un momento de relevancia en el desarrollo económico de la ciudad es dado por la fiebre del oro producida en California, Estados Unidos (1848), la necesidad de alimento de la población que se aventuraba a la búsqueda de riquezas dio a Tomé la labor de convertirse en el principal puerto de donde sale la producción exportada de la zona hacia los mercados externos, especialmente a California EE.UU., situación por la cual un sector de la comuna es bautizada con el nombre de California.

Cuando el mercado de California decae por el desarrollo de su propia actividad agrícola se abre un nuevo mercado, el de Australia. De esta manera la producción triguera llegaba al puerto y una parte importante era molida y transformada en harina. Los molinos instalados en Tomé para este fin llegaron a ser unos de los más importantes del país, sobre todo por su relación con el mercado internacional. Entre estos están el Molino California de Urrejola y Cousiño; molino Tomé de Cousiño; Molino Bellavista de Gibson Delano y Plumer, entre otros. Esto se ve asociado a una naciente clase obrera ligada a los molinos y al rubro portuario. Así lo plantea Darwin Rodríguez al afirmar que es Tomé "junto con Santiago, Valparaíso y el Norte minero donde comienza a constituirse la clase obrera chilena".

"El rápido e importante desarrollo de la ciudad llevan a las autoridades a declararla "Puerto Mayor" el 31 de agosto de 1858, lo cual conlleva la instalación de una aduana y Tesorería en Tomé, generando con ello un importante núcleo Comercial y de servicios", con el consiguiente incremento poblacional. Cinco años antes (1853) la ciudad había sido nombrada capital del distrito de Coelemu. En aquellos años Tomé "era visitado por numerosos vapores mercantes y buques veleros, cuyas faenas de embarque y desembarque no solamente daban animación a la bahía, sino que al mismo tiempo producían valiosas entradas al comercio".

Pero, con el tiempo el puerto de Talcahuano pasó a ocupar el lugar que ocupaba Tomé en la exportación cerealera, y el auge del ciclo triguero tomecino llegó a su fin. No obstante, el 26 de diciembre de 1885 Tomé es declarado ciudad.

El desarrollo de Talcahuano en desmedro de Tomé se ve favorecido por el desarrollo de vías férreas que unieron el puerto chorero con Chillán. De esta manera la producción de la provincia de 'uble comienza a emigrar por esa vía. A esto se suma la construcción de caminos hacia Constitución por donde comenzará a salir la producción del interior. Por último, se debe sumar el cada vez menor rendimiento de los suelos producto de la erosión física y biológica provocada por el monocultivo triguero y la deforestación de terrenos que eran poblados de intensos bosques. De esta manera Tomé pierde en 1876 su categoría de puerto mayor, título ostentado desde entonces por Talcahuano.